ג'ל אלקטרופורזה agarose להפריד את קטעי ה-DNA

אלקטרופורזה agarose ג'ל הוא הדרך היעילה ביותר להפרדת קטעי ה-DNA בגדלים שונים הנעים בין BP 100-25 KB ^1. Agarose מבודד סוגים אצות Gelidium ו Gracilaria, והוא מורכב agarobiose חזר (L-ו-D-גלקטוז) יחידות משנה ^2. במהלך gelation, פולימרים agarose לקשר לא קוולנטית וליצור רשת של חבילות אשר גודל הנקבוביות לקבוע מאפיינים מולקולריים של ג'ל סנון. השימוש בג'ל אלקטרופורזה agarose מהפכה ההפרדה של ה-DNA. לפני אימוץ agarose ג'לים, ה-DNA הופרדו בעיקר באמצעות צפיפות סוכרוז שיפוע צנטריפוגה, שרק סיפק הערכה של גודל. להפריד בין ה-DNA באמצעות אלקטרופורזה agarose ג'ל, ה-DNA הוא נטען לתוך מראש יצוק בארות ג'ל ו יישומי הנוכחי. עמוד השדרה של ה-DNA פוספט (ו-RNA) הוא מולקולה טעונים שלילית, ולכן כאשר הניח שדה חשמלי, שברי דנ"א יהיה להגר עמ 'טעונה ositively האנודה. כי ה-DNA יש יחס אחיד המונית / תשלום, מולקולות ה-DNA מופרדים לפי גודל בתוך ג'ל agarose בדפוס כזה המרחק הוא ביחס הפוך יומן של משקל מולקולרי שלה ^3. הדגם המוביל של תנועת ה-DNA באמצעות ג'ל agarose הוא "מוטה reptation", לפיו החדשנית נע קדימה ומושך את שאר המולקולה יחד ^4. שיעור ההגירה של מולקולת הדנ"א דרך ג'ל נקבעת על ידי הבאות: גודל 1) של מולקולת הדנ"א, 2) ריכוז agarose; 3) קונפורמציה DNA ^5, 4) יישומית, 5) מתח נוכחות ethidium ברומיד, 6) סוג מאגר agarose ו 7) אלקטרופורזה. לאחר ההפרדה, את מולקולות ה-DNA יכול להיות דמיינו תחת אור UV לאחר מכתים עם הצבע המתאים. על ידי ביצוע בפרוטוקול זה, התלמידים צריכים להיות מסוגלים:

1. להבין את המנגנון שבאמצעותו שברי ה-DNA מופרדים בתוך מטריצת הג'ל
2. להבין כיצד קונפורמציה שלמולקולת ה-DNA תקבע הניידות שלה באמצעות מטריצת הג'ל
3. זהה את הפתרון agarose הריכוז המתאים לצרכיהם
4. הכן ג'ל agarose על אלקטרופורזה של דגימות דנ"א
5. הגדרת ג'ל אלקטרופורזה מנגנון אספקת החשמל
6. בחר המתח המתאים להפריד את שברי ה-DNA
7. להבין את המנגנון שבאמצעותו ברומיד ethidium מאפשר הדמיה של להקות ה-DNA
8. קבע את הגדלים של שברי הדנ"א המופרדים