Агарозном геле для разделения фрагментов ДНК

Агарозном гель-электрофореза является наиболее эффективным способом разделения фрагментов ДНК различных размеров, начиная от 100 б.п. до 25 кб ^1. Агарозном изолирован от водорослей родов Gelidium и Gracilaria, и состоит из повторяющихся agarobiose (L-и D-галактозы) подразделения ^2. Во время гелеобразования, агарозы полимеров связывают нековалентно и образуют сеть расслоений, размеры пор определить молекулярный просеивания геля свойствами. Использование электрофореза в агарозном геле революцию разделения ДНК. До принятия агарозном геле, ДНК в основном разделяются с помощью сахарозы центрифугирования в градиенте плотности, которые только при условии приближения размера. Для выделения ДНК с помощью электрофореза в агарозном геле, ДНК загружается в сборных скважин в гель и ток. Фосфатного остова ДНК (и РНК), молекула имеет отрицательный заряд, поэтому при помещении в электрическое поле, фрагменты ДНК, будут переходить на рositively заряженный анод. Поскольку ДНК имеет однородную массу / заряду молекулы ДНК разделяются по размеру в агарозном геле в шаблон так, что расстояние, пройденное обратно пропорциональна логарифму его молекулярной массы ^3. Ведущие модели ДНК движение через агарозном геле "предвзятым рептаций", в результате чего передний край движется вперед и тянет остальной части молекулы по ^4. Скорость миграции молекулы ДНК через гель определяется: 1) размер молекулы ДНК, 2) концентрация агарозы, 3) ДНК конформации ^5, 4) приложенного напряжения, 5) наличие бромистый этидий, 6) типа агарозы и 7), электрофорез буфера. После разделения молекул ДНК могут быть визуализированы в УФ-свете после окрашивания с соответствующим красителем. Следуя этому протоколу, студенты должны уметь:

1. Понять механизм, посредством которого фрагменты ДНК разделяются в матрице геля
2. Понять, как конформацииМолекула ДНК определяет его мобильность через матрицу геля
3. Определить решение агарозном соответствующей концентрации для своих нужд
4. Подготовить агарозном геле для электрофореза образцов ДНК
5. Настройка аппарата гель-электрофореза и источник питания
6. Выберите подходящее напряжение для разделения фрагментов ДНК
7. Понять механизм, посредством которого бромистый этидий позволяет визуализации ДНК полосы
8. Определить размеры отдельных фрагментов ДНК