バイオマスの制限額を使用して効率的なクロマチン免疫沈降

クロマチン免疫沈降（チップ）は、生きた細胞のクロマチン中のDNAと異なるタンパク質との相互作用を決定するために広く用いられている方法である。例としては、配列特異的DNA結合転写因子、ヒストンおよびそれらの異なる変形状態が、そのようなRNAポリメラーゼおよび補助因子として酵素およびDNA修復成分を含む。その普遍性にもかかわらず、最新の欠如、相互作用の定量的な評価指標を可能材のベンチの準備の両方の正確な分析のための詳細な方法論があります。この情報の欠如に起因し、また、任意の免疫沈降のように、条件は実験条件の新しいセットの再最適化する必要があり、あるため、ChIP解析が不正確又は不十分な定量結果を受けやすい。

我々のプロトコルは、最終的に転写因子で精液の仕事に由来する：DNA相互作用^1,2が、感作に多くの改良を組み込ん困難な得る細胞タイプに対するVITY及び再現。プロトコルは、DNAの濃縮を定量する定量PCRを用いて、以下のプロトコルの半定量的変異体を使用して両方が正常^3,4使用されている。

PCR増幅された材料のこの定量的な分析は、計算行い、アッセイにおける制限因子を表す。重要なコントロールやその他の考慮事項は、下に変更を表示しないようにこのような研究対象のタンパク質（または予想に拘束されることにしないと予測遺伝子間領域としてアイソタイプをマッチさせた抗体の使用だけでなく、ゲノムDNAの制御領域の評価を含んで実験条件）。さらに、すべてのChIPのサンプルの入力材料の標準曲線を実験材料で濃縮度の絶対レベルを導出するために使用される。標準曲線の使用は関係なく設計されているどのように慎重にの、プライマーセット間のアカウントの違いを考慮するのに役立ち、また、効率が異なる単一プライマーセット用のテンプレート濃度の範囲全体にわたってences。我々のプロトコルは、我々は広範囲に後で、分析フェーズをカバーするという点で^5-8利用可能な他のものとは異なっている。