Bruk av omvendt fase Protein Arrays (RPPA) til Explore Protein Expression Variasjon innen Individuelle nyre celle kreft

Foreløpig er det ingen kurativ behandling for metastatisk klarcellet nyrecellekreft, den vanligste varianten av sykdommen. En nøkkelfaktor i denne behandlingen resistens er antatt å være den molekylære kompleksitet sykdom ^1. Målrettet terapi som tyrosinkinasehemmer (TKI)-sunitinib har blitt utnyttet, men bare 40% av pasientene vil reagere, med overveldende flertall av disse pasientene fikk tilbakefall innen ett år ^2. Som sådan spørsmålet om egenverdi og ervervet resistens i nyre celle kreftpasienter er svært relevant ^3.

For å studere motstand mot TKIs, med det endelige mål om å utvikle effektive, personlige behandlinger, sekvensiell vev etter en bestemt periode målrettet terapi nødvendig, en tilnærming som hadde vist seg vellykket i kronisk myelogen leukemi ^4. Men anvendelsen av en slik strategi i nyrecellekarsinom kompliseres av det høye nivået av bOTH inter-og intratumoral heterogenitet, som er et trekk av nyrecellekarsinom ^5,6 samt andre solide tumorer ^7. Intertumoral heterogenitet grunn transcriptomic og genetiske forskjeller er godt etablert, selv hos pasienter med lignende presentasjon, scene og grad av tumor. I tillegg er det klart at det er stor morfologiske (intratumoral) heterogenitet i RCC, som er sannsynlig å representere enda større molekylær heterogenitet. Detaljert kartlegging og kategorisering av RCC svulster ved kombinert morfologisk analyse og Fuhrman gradering tillater valg av representative områder for proteomikk analyser.

Protein analyse av RCC ⁸ er attraktiv på grunn av sin utbredte tilgjengeligheten i patologi laboratorier, men kan sin søknad være problematisk på grunn av den begrensede tilgjengeligheten av spesifikke antistoffer ^9. På grunn av dot blot natur omvendt fase Protein Arrays (RPPA), antistoffspesifisitet må be pre-validert, slik streng kvalitetskontroll av antistoffer som brukes er av overordnet betydning. Til tross for denne begrensningen dot blot format tillater analysen miniatyrisering, noe som åpner for utskrift av hundrevis av prøver på et enkelt nitrocellulose lysbilde. Trykte lysbilder kan deretter bli analysert på en lignende måte til Western analyse med bruk av target spesifikke primære antistoffer og fluorescensmerkede sekundære antistoffer, slik at for multipleksing. Differensiell proteinekspresjon tvers av alle prøvene på et lysbilde kan da bli analysert samtidig ved å sammenligne den relative nivået av fluorescens på en mer kostnadseffektiv og high-throughput måte.