RNA förutsägelser av sekundär struktur med high-throughput SHAPE

Förstå funktionen hos RNA deltar i biologiska processer kräver en grundlig kunskap om RNA-struktur. För detta ändamål, den metod som kallas "high-throughput selektiv 2 'hydroxyl acylering analyseras av primerförlängning", eller form, möjliggör förutsägelse av RNA sekundär struktur med enda nukleotid upplösning. Detta tillvägagångssätt utnyttjar kemiska sondering agens som företrädesvis acylera enkelsträngade eller flexibla regioner i RNA i vattenlösning. Sites of kemisk modifiering detekteras genom omvänd transkription av modifierat RNA, och produkterna från denna reaktion är fraktioneras genom automatiserad kapillärelektrofores (CE). Eftersom omvänt transkriptas pausar vid dessa RNA nukleotider modifierade av formen reagenser, kartlägger resulterande cDNA-biblioteket indirekt de ribonucleotides som singel är strandsatta i samband med de vikta RNA. Använda ShapeFinder mjukvara, är de elektroferogrammen produceras av automatiserad CE bearbetas och omvandlas till nucleotide reaktivitet tabeller som är själva omvandlas till pseudo-energi begränsningar som används i RNAStructure (v5.3) förutsägelse algoritm. De tvådimensionella RNA-strukturer framställs genom att kombinera SHAPE sondering med in silico RNA förutsägelser av sekundär struktur har visat sig vara mycket mer exakta än strukturer erhållna med användning av endera metoden enbart.