זיהוי של מוטיבים פונקציונליים והשותפים המחייבים מבוסס פפטיד

פפטידים קצרים ספציפיים הנגזרים ממוטיבים שנמצאו בחלבונים באורך מלא, במקרה שלנו ה-HIV-1 NEF, לא רק שומרים על התפקוד הביולוגי שלהם, אלא גם יכולים לעכב את הפונקציה של החלבון באורך מלא באופן תחרותי. קבוצה של 20 פפטידים סריקת NEF, 20 חומצות אמינו באריכות עם כל חפיפת 10 חומצות אמינו של השכן שלו, שתשמש לזיהוי מוטיבים בהנף אחראי לגרימת מות תאים מתוכנת שלה. פפטידים המכילים מוטיבים אפופטוטיים אלה מושרה אפופטוזיס ברמות דומות לחלבון הנף באורך מלא. הפפטיד שני, הנגזר משינוי אזור ההפרשה (SMR) של NEF, נשמרים היכולת ליצור אינטראקציה עם חלבונים תאיים המעורבים בהפרשה של הנף בexosomes (exNef). פפטיד SMRwt זה שימש כחלבון "הפיתיון" בשיתוף immunoprecipitation ניסויים כדי לבודד חלבונים תאיים הנקשרים באופן ספציפי למוטיב SMR של NEF. עיכוב transfection ונוגדן חלבון שימש לשבש את הימור האינטראקציה פיזיWeen הנף וmortalin, אחד מחלבוני SMR מחייבים המבודדים, ואת ההשפעה נמדד עם assay הפרשת exNef מבוסס פלורסנט. יכולתו של פפטיד SMRwt לגבור הנף באורך מלא לחלבונים תאיים הקושרים את מוטיב SMR, להפוך אותו למעכב הראשון של הפרשת exNef. וכך, על ידי שימוש בטכניקות שתוארו כאן, אשר מנצלים את התכונות הייחודיות של פפטידים קצרים ספציפיים הנגזרים ממוטיבים שנמצאו בחלבונים באורך מלא, ניתן להאיץ את זיהוי של מוטיבים פונקציונליים בחלבונים ופיתוח של מעכבים של פונקציות פתוגניים המבוססים על פפטיד.