Быстрый Люминесцентная

Сочетание РНК люминесцентные в гибридизация (FISH) с иммунофлюоресценции (иммуно-FISH) создает технику, которая может быть использована в одном уровне клетки для выявления пространственной динамики РНК локализации с одновременным проникновением в локализации белков, эпигенетических модификаций и других деталей которые могут быть выделены с помощью иммунофлуоресценции. Инактивация Х-хромосомы является парадигмой для длительного некодирующая РНК (lncRNA) опосредованной сайленсинга. X-неактивной конкретных стенограмма (Xist) накопление lncRNA (так называемый Xist облако) на одном из двух Х-хромосом у самок млекопитающих является важным шагом для начала инактивации Х-хромосомы. Xist РНК, прямо или косвенно взаимодействует с различными хроматина модифицирующие ферменты и вводит различные эпигенетические ландшафты в неактивной Х-хромосомы (XI). Один известный эпигенетические отличительной чертой Xi является гистонов H3 триметил-лизин 27 (H3K27me3) модификация. Здесь мы опишем простой и быстрый иммуно-FISHпротокол для обнаружения Xist РНК с использованием РНК FISH с несколькими датчиками олигонуклеотидных в сочетании с иммунофлюоресценции H3K27me3 изучить локализацию Xist РНК и связанные изменения эпигенетических. С использованием олигонуклеотидных зондов результатов в более короткие сроки инкубации и более чувствительного обнаружения Xist РНК по сравнению с в пробирке транскрибируемых РНК-зондов (рибозонды). Этот протокол обеспечивает мощный инструмент для понимания динамики lncRNAs и связанных с ним эпигенетические модификации, структура хроматина, ядерной организации и регуляции транскрипции.