FIM Imagerie et FIMtrack: Deux nouveaux outils permettant à haut débit et de l'analyse coûts de locomotion efficace

L'analyse de la fonction de réseau neuronal nécessite une mesure fiable de traits comportementaux. Etant donné que le comportement des animaux qui se déplacent librement est variable dans une certaine mesure, de nombreux animaux doivent être analysés afin d'obtenir des données statistiquement significatives. Cela nécessite un ordinateur assistée quantification automatique des modes de locomotion. Pour obtenir des images de contraste élevé d'objets en mouvement presque translucides et petites, une nouvelle technique d'imagerie basée sur la réflexion interne totale frustrée appelé FIM a été développé. Dans cette configuration, les animaux ne sont éclairés par la lumière infrarouge à la position très spécifique de contact avec la surface de ramper sous-jacent. Cette méthodologie en résulte des images à contraste très élevé. Par la suite, ces images à contraste élevé sont traitées en utilisant des algorithmes de suivi de contour établies. Sur cette base, nous avons développé le logiciel de FIMTrack, qui sert à extraire un certain nombre de caractéristiques nécessaires pour décrire quantitativement une grande variété de locomotioncaractéristiques. Lors du développement de ce logiciel, nous avons concentré nos efforts sur une architecture open source permettant d'ajouter facilement d'autres modules. Le programme fonctionne indépendant de la plateforme et se accompagne d'une interface graphique intuitive guidant l'utilisateur dans l'analyse des données. Toutes les valeurs de paramètres de locomotion sont données sous forme de fichiers CSV pour leur permettre d'autres analyses des données. En outre, une visionneuse des résultats intégré dans le logiciel de suivi offre la possibilité d'examiner et de régler la sortie, que pourraient être nécessaires lors de l'intégration de relance interactive. La puissance de la FIM et FIMTrack est démontrée par l'étude de la locomotion des larves de drosophile.