Gelijktijdig DNA-RNA-extractie uit kustsedimenten en kwantificering van 16S rRNA genen en transcripties van Real-time PCR

Real-time PCR ook bekend als kwantitatieve PCR (Q-PCR) is een veel gebruikt instrument microbiële ecologie gen abundanties van taxonomische en functionele groepen in milieumonsters te kwantificeren. Gebruikt in combinatie met een reverse transcriptase reactie (RT-Q-PCR) kan ook worden gebruikt om gentranscripten kwantificeren. Q-PCR maakt gebruik van zeer gevoelige fluorescentiedetectie chemie die kwantificatie van PCR amplicons mogelijk te maken tijdens de exponentiële fase van de reactie. Daarom is de vooroordelen geassocieerd met "eindpunt" PCR gedetecteerd in de plateaufase van de PCR-reactie worden vermeden. Een protocol om bacteriële 16S rRNA genen en transcripten kustsedimenten kwantificeren via real-time PCR is aangebracht. Eerst wordt een werkwijze voor de co-extractie van DNA en RNA uit kustsedimenten, inclusief de aanvullende stappen voor de bereiding van DNA-vrije RNA wordt geschetst. Ten tweede, een stap-voor-stap voor de kwantificering van 16S rRNA genen en transcripts van de geëxtraheerde nucleïnezuren via Q-PCR en RT-Q-PCR is beschreven. Dit omvat informatie voor de constructie van DNA en RNA standaard curves. Essentiële aspecten voor het gebruik van RT-Q-PCR assays microbiële ecologie opgenomen.