La secuenciación profunda imparcial de virus de ARN de muestras clínicas

Aquí describimos un protocolo de secuenciación de ARN de última generación que permite a los conjuntos de novo y variantes llamadas intra-anfitriones de los genomas virales obtenidos de fuentes clínicas y biológicas. El método es imparcial y universal; que utiliza cebadores aleatorios para la síntesis de cDNA y no requiere conocimiento previo de la contenido de la secuencia viral. Antes de la construcción de bibliotecas, selectiva digestión a base de RNasa H se utiliza para agotar no deseada de ARN - vehículo que incluye poli (rA) y el ARN ribosomal - a partir de la muestra de ARN viral. depleción selectiva mejora tanto la calidad de los datos y el número de única lee en las bibliotecas de secuenciación del ARN viral. Por otra parte, el paso de una a base de transposasa 'tagmentation' se utiliza en el protocolo, ya que reduce el tiempo total de construcción de la biblioteca. El protocolo ha permitido profunda secuenciación rápida de más de 600 muestras, incluyendo el virus de Lassa y Ebola colecciones de sangre y tejido aislados y es ampliamente aplicable a otros estudios de genómica microbiana.