Metyl-bindande DNA fånga sekvensering för patientvävnader

Metylering är en av de väsentliga epigenetiska modifieringar av DNA, som är ansvarig för den exakta regleringen av gener som krävs för stabil utveckling och differentiering av olika vävnadstyper. Dysreglering av denna process är ofta kännetecknande för olika sjukdomar som cancer. Här, vi beskriva en av de senaste sekvenseringstekniker, metyl-bindande DNA-Capture-sekvensering (MBDCap-punkter), som används för att kvantifiera metylering i olika normala och sjukdoms vävnader för stora patientgrupper. Vi beskriver ett detaljerat protokoll för denna affinitetsanrikning tillvägagångssätt tillsammans med en bioinformatik pipeline för att uppnå optimal kvantifiering. Denna teknik har använts för att sekvensera hundratals patienter inom olika cancertyper som en del av den 1000 methylome projektet (Cancer Methylome System).