A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Abstract
Genetics
Når steady state RNA nivåer sammenlignes mellom to betingelser, er det ikke mulig å skille om forandringer er forårsaket av endringer i produksjon eller degradering av. Denne protokollen beskriver en metode for måling av RNA produksjon, bruker 5-Bromouridine merking av RNA etterfulgt av immunoprecipitation, som gjør etterforskningen av RNA syntetisert innen kort tid (f.eks, 1 time). Fordelen av 5-Bromouridine-merking og immunoprecipitation over bruken av giftige transcriptional hemmere, som α-amanitin og actinomycin D, er at det er ingen eller svært lav effekt på cellen levedyktighet under kortvarig bruk. Men fordi 5-Bromouridine-immunoprecipitation bare fanger RNA produsert innen kort merking tiden, sakte produsert samt raskt forringes kan RNA være vanskelig å måle på denne måten. Den 5-Bromouridine-merket RNA fanget av 5-Bromouridine-immunoprecipitation kan analyseres av omvendt transkripsjon, kvantitativ polymerasekjedereaksjons og neste generasjons sekvensering. Alle typer RNA kan undersøkes og metoden er ikke begrenset til måle mRNA som presenteres i dette eksempelet.
ABOUT JoVE
Copyright © 2024 MyJoVE Corporation. All rights reserved