Исследования синтеза РНК с помощью 5-Bromouridine маркировки и иммунопреципитации

При установившемся РНК уровни сравнении между двумя условиями, невозможно отличить ли изменений вызванных изменений в производство или деградации РНК. Этот протокол описывает метод для измерения производства РНК, используя 5-Bromouridine маркировки РНК, следуют иммунопреципитация, который позволяет расследования РНК синтезируется в течение короткого периода времени (например, ч. 1). 5-Bromouridine маркировка и иммунопреципитации преимущество использования токсичных transcriptional ингибиторы, такие как α-аманитин и дактиномицин D, что есть нет или очень низкое воздействие на жизнеспособность клеток во время кратковременного использования. Однако потому что только 5-Bromouridine иммунопреципитация захватывает РНК в течение короткого времени маркировки, медленно производства, а также быстро деградируют РНК может быть трудно измерить этим методом. 5-Bromouridine помечены РНК, захвачен 5-Bromouridine иммунопреципитация могут быть проанализированы по обратной транскрипции, количественные полимеразной цепной реакции и следующего поколения последовательности. Все типы РНК могут быть исследованы, и этот метод не ограничивается измерения mRNA, как представлено в этом примере.