ExCYT: 高次元フローサイトメトリー データの分析を合理化するためのグラフィカル ユーザー インターフェイス

流れの cytometers パラメーター数の増加を測定することができるの出現により、科学者たちは、表現型、細胞のサンプルの特性の解明に大きなパネルを開発続けます。しかし、これらの技術の進歩はますます伝統的なゲーティング マニュアル ベースのプログラム内で客観的に分析が困難になっている高次元のデータ セットを得られます。良い分析し、データを表示、するために科学者は流れ cytometry データを解析する高次元データの分析に専門知識を持つ多くのパートナーします。一方、これらのメソッドは、フローサイトメトリーの勉強に非常に貴重なことに示されている、彼らはまだ計算やプログラミングに関する専門知識を欠いている科学者のための簡単で使いやすいパッケージに組み込まれるあります。この必要性に対処するため、MATLAB ベース グラフィカル ユーザー インターフェイス (GUI) 高次元データなどの一般的に使用される分析手法を実装することによって高次元の流れの cytometry のデータの解析を効率化する ExCYT を開発しました。t SNE による次元圧縮、様々 な自動と手動のクラスタ リング方法、ヒートマップなど、新規高次元フローがプロットされます。さらに、ExCYT はさらに t SNE と t SNE プロットに直接ゲートに適用する能力と同様に、分析をクラスタ リングのための興味の選択集団の伝統的なゲート オプションを提供します。ソフトウェアは、いずれかの補償での作業の付加的な利点または非補償 FCS ファイルを提供します。買収後の補償が必要な場合に、汚れの単一のディレクトリと無染色のサンプル プログラムを提供するユーザーを選択できます。プログラムはすべてのチャネルで肯定的なイベントを検出し、このデータの選択を使用してより客観的に補償行列を計算します。要約すると、ExCYT は、FCS ファイルの形で流れ cytometry のデータを取り出して計算トレーニング、そのデータを理解することで最新のアルゴリズムのアプローチを使用するに関係なく、任意の個人を許可する包括的な解析パイプラインを提供します。