Produsere Gene slettingene i Escherichia coli av P1 signaltransduksjon med Excisable antibiotikaresistens kassetter

En første tilnærming til studere funksjonen til en ukjent genet i bakterier er å skape en knock-out av dette genet. Her beskriver vi en robust og rask protokoll for overføring av genet sletting mutasjoner fra en Escherichia coli stamme til en annen ved hjelp av generalisert signaltransduksjon bacteriophage P1. Denne metoden krever at mutasjon være valgbar (f.eks basert på gene forstyrrelser med antibiotika kassett innsettinger). Slike antibiotika kassetter kan mobiliseres fra en donor belastning og introdusert til en mottaker belastning av interesse for raskt og generere enkelt en genet sletting mutant. Antibiotika kassetten kan utformes med flippase gjenkjennelse nettsteder som lar eksisjon av kassetten av en områdespesifikk recombinase å produsere en ren knock-out med bare en ~ 100-base-par-lange arr sekvens i genomet. Vi demonstrere protokollen av fortrenging tamA genet koding en montering faktor i autotransporter biogenesis og teste effekten av denne knock-out på biogenesis og funksjon av to trimeric autotransporter adhesins. Om genet sletting av P1 signaltransduksjon har begrensninger, gjør den enkle og hastigheten på implementeringen det et attraktivt alternativ til andre metoder for genet sletting.