Kvasi-metagenomic analyse av Salmonella fra mat og miljøprøver

Quasi-metagenomics sekvensering refererer til sekvensering-basert analyse av modifisert microbiomes mat og miljøprøver. I denne protokollen, er microbiome modifisering designet for å konsentrere genomisk DNA av en målet matbårne patogen miljøgifter å lette oppdagelsen og subtyping av patogen i en enkelt arbeidsflyt. Her vi forklare og demonstrere eksempel forberedelsene for kvasi-metagenomics analyse av Salmonella enterica fra representant mat og miljøprøver inkludert alfalfaspirer, bakken sort pepper, hakket biff, kylling bryst og miljømessige vattpinner. Eksempler er første utsatt for kultur anriking av Salmonella for en forkortet og justerbar varighet (4-24 h). Salmonella celler er selektivt erobret fra berikelse kulturen av immunomagnetic separasjon (IMS). Til slutt, flere forskyvning forsterkning (MDA) utføres for å forsterke DNA fra IMS-fanget celler. DNA resultatet av denne protokollen kan være rekkefølge av høy gjennomstrømning sekvensering plattformer. En valgfri kvantitative PCR analyse kan utføres for å erstatte sekvenser for Salmonella oppdagelsen eller vurdere konsentrasjonen av Salmonella DNA før sekvensering.