منصة Seq الميثيل الفئران لتحديد تغييرات جينية المرتبطة بالتعرض للإجهاد

كلما توفرت مورثات من طائفة متنوعة من الحيوانات، هناك حاجة متزايدة للأدوات التي يمكن التقاط دينامية تغييرات جينية في هذه النماذج الحيوانية. الفأر هو الحيوان نموذج معين واحد حيث أداة جينية يمكن أن تكمل العديد من الدراسات الدوائية والسلوكية لتوفير المعلومات آليا الثاقبة. وتحقيقا لهذه الغاية، علينا تكييف "نظام التقاط الهدف سوريسيليكت" (المشار إليها ك Seq الميثيل) للفئران، التي يمكن تقييم مستويات مثلايشن الحمض النووي عبر جينوم الفئران. واستهدفت تصميم الفئران المروجين والبد جزر وشواطئ الجزيرة والمناطق الغنية GC من جميع ريفسيق الجينات.

لتنفيذ منهاج العمل في تجربة الفئران، الفئران "سبراغ داولي" الذكور يتعرضون للإجهاد المزمن المتغير لمدة 3 أسابيع، بعد ذلك تم جمع عينات الدم لاستخراج الحمض النووي الجينوم. وشيدت المكتبات Seq الميثيل من عينات الحمض النووي الفئران بالقص وربط محول وإثراء الهدف، بيكبريتيت التحويل والإرسال المتعدد. المكتبات كانت متسلسلة على منصة الجيل التالي تسلسل وحللت ما يلي تسلسل زمني لتحديد DMRs بين الحمض النووي فئران أكد وبهيج. DMRs المرشح العلوي كانت تؤيدها بشكل مستقل بيكبريتيت بيروسيكوينسينج للتأكد من متانة النظام الأساسي.

النتائج تبين بأن منهاج Seq الميثيل الفئران أداة جينية مفيدة يمكن التقاط مثلايشن التغييرات الناجمة عن التعرض التأكيد.