En rotte Methyl-Seq Platform til at identificere epigenetiske ændringer forbundet med Stress eksponering

Som genomer af en bredere vifte af dyr bliver tilgængelige, er der et stigende behov for værktøjer, der kan fange dynamiske epigenetiske ændringer i disse dyremodeller. Rotten er en særlig model dyr hvor en epigenetisk værktøj kan supplere mange farmakologiske og adfærdsmæssige undersøgelser at give indsigtsfulde mekanistiske information. Med henblik herpå tilpasset vi SureSelect fange målsystemet (benævnt Methyl-Seq) rotte, som kan vurdere DNA methylering niveauer på tværs af rotte genom. Rotte design målrettet initiativtagere, CpG øer, island kyster og GC-rige regioner fra alle RefSeq gener.

For at gennemføre platformen på en rotte eksperiment, blev mandlige Sprague Dawley rotter udsat for kroniske variable stress for 3 uger, hvorefter blev blodprøver indsamlet for genomisk DNA-ekstraktion. Methyl-Seq biblioteker blev bygget fra rotte DNA-prøver af klipning, adapter ligatur, target berigelse, bisulfite konvertering og multiplexing. Biblioteker blev sekventeret på en next-generation sequencing platform og sekventeret læser blev analyseret for at identificere Mickael mellem DNA af stressede og tryksvage rotter. Spidskandidat Mickael blev selvstændigt valideret af bisulfite pyrosequencing at bekræfte robustheden af platformen.

Resultaterne viser, at rotte Methyl-Seq platform er en nyttig epigenetiske værktøj, der kan fange methylering forandringer som følge af eksponering til at understrege.