एक चूहा मिथाइल-Seq मंच तनाव जोखिम से जुड़े Epigenetic परिवर्तन की पहचान करने के लिए

जानवरों की एक व्यापक विविधता के जीनोम के रूप में उपलब्ध हो जाते हैं, इन जानवरों के मॉडल में गतिशील epigenetic परिवर्तन पर कब्जा कर सकते हैं कि उपकरणों के लिए एक बढ़ती हुई जरूरत है. चूहा एक विशेष मॉडल जानवर है जहां एक epigenetic उपकरण कई औषधीय और व्यवहार अध्ययन के लिए व्यावहारिक यंत्रवत जानकारी प्रदान पूरक कर सकते हैं । इस छोर तक, हमने चूहे के लिए SureSelect टारगेट कैप्चर सिस्टम (मिथाइल-Seq के रूप में भेजा) अनुकूलित किया है, जो चूहे के जीनोम में डीएनए मिथाइल स्तर का आकलन कर सकता है । चूहा डिजाइन प्रमोटरों, CpG द्वीपों, द्वीप किनारे, और सभी RefSeq जीन से जीसी-अमीर क्षेत्रों को लक्षित ।

एक चूहे प्रयोग पर मंच को लागू करने के लिए, पुरुष Sprague Dawley चूहों 3 सप्ताह के लिए जीर्ण चर तनाव के संपर्क में थे, जिसके बाद रक्त के नमूने जीनोमिक डीएनए निष्कर्षण के लिए एकत्र किए गए । मिथाइल-Seq पुस्तकालयों का निर्माण चूहे के डीएनए नमूनों से बाल काटना, अनुकूलक बंधाव, लक्ष्य संवर्धन, bisulfite रूपांतरण, और division द्वारा किया गया था । पुस्तकालयों एक अगली पीढ़ी के अनुक्रमण मंच पर अनुक्रम थे और अनुक्रम पढ़ता बल दिया और तनाव में चूहों के डीएनए के बीच DMRs की पहचान करने के लिए विश्लेषण किया गया. मंच की मजबूती की पुष्टि के लिए bisulfite pyrosequencing द्वारा शीर्ष उम्मीदवार DMRs को स्वतंत्र रूप से मान्य किया गया ।

परिणाम प्रदर्शित करता है कि चूहे मिथाइल-Seq मंच एक उपयोगी epigenetic उपकरण है कि मिथाइल तनाव को जोखिम से प्रेरित परिवर्तन पर कब्जा कर सकते हैं ।