Una piattaforma di metil-Seq ratto per identificare i cambiamenti epigenetici connessi con l'esposizione di sforzo

Genomi di una più ampia varietà di animali, appena disponibili, c'è un crescente bisogno di strumenti che possono catturare i cambiamenti epigenetici dinamici in questi modelli animali. Il topo è un particolare modello animale, dove uno strumento epigenetico possa integrare molti studi farmacologici e comportamentali per fornire informazioni meccanicistiche penetranti. A tal fine, abbiamo adattato il SureSelect Target Capture System (denominate metil-Seq) per il ratto, che può valutare i livelli di metilazione del DNA in tutto il genoma di topo. Il design di ratto mirato promotori, isole CpG, coste dell'isola e regioni ricche GC da tutti RefSeq geni.

Per implementare la piattaforma su un esperimento di ratto, ratti Sprague Dawley maschii sono stati esposti allo sforzo cronico variabile per 3 settimane, dopo di che sono stati raccolti campioni di sangue per estrazione del DNA genomico. Metil-Seq librerie furono costruite dai campioni di DNA di ratto dalla tosatura, adattatore legatura, arricchimento di destinazione, conversione di bisolfito e multiplexing. Le librerie sono state sequenziate su una piattaforma di sequenziamento di nuova generazione e le letture in sequenza sono state analizzate per identificare DMRs tra DNA dei ratti stressati e atone. Candidato ideale DMRs indipendentemente sono state convalidate da bisolfito pyrosequencing per confermare l'affidabilità della piattaforma.

I risultati dimostrano che la piattaforma di metil-Seq ratto è un utile strumento epigenetico che può acquisire le modifiche di metilazione indotte tramite l'esposizione allo stress.