ストレス曝露に伴うエピジェネティックな変化を識別するためにラット メチル Seq プラットフォーム

幅広い動物のゲノムが利用可能になると、これらの動物モデルにおけるエピジェネティックな変化を捉えることができますツールのニーズがあります。ラットは、エピジェネティックなツールが洞察力の力学的情報を提供する多くの薬理学的・行動研究を補完することが 1 つの特定のモデル動物であります。このため、ラット、ラット遺伝子 DNA のメチル化レベルを評価するため SureSelect ターゲットをキャプチャ システム (メチル Seq と呼ばれる) を適応しました。ラットの設計では、プロモーター、CpG の島、島の海岸、すべて RefSeq 遺伝子から GC の豊富な地域を対象としました。

ラット実験プラットフォームを実装するには、男性スプレイグ ラットは 3 週間、その後採血したゲノム DNA の抽出の後の慢性的な可変ストレスにさらされました。メチル Seq ライブラリは、剪断、アダプター結紮、ターゲット濃縮、重亜硫酸塩の変換、多重化によりラットの DNA のサンプルから構築されました。次世代シーケンシング プラットフォームのライブラリ結果し、応力負荷及び無負荷ラットの DNA の間 Dmr を識別するためにシーケンスされた読み取りを行った。プラットフォームの堅牢性を確認するための重亜硫酸塩ピロシーケンスによる最有力候補 Dmr が独立して検証。

結果は、ラット メチル Seq プラットフォームがストレスにさらされることによってメチル化変化をキャプチャすることができます便利なエピジェネティックなツールであることを示します。