Stres pozlama ile ilişkili epigenetik değişiklikleri tanımlamak için bir fare metil-Seq Platform

Hayvanlar daha çeşitli genleri kullanıma sunulduğunda bu hayvan modellerinde dinamik epigenetik değişiklikleri yakalayabilir araçlar için artan bir ihtiyaç vardır. Sıçan nerede epigenetik bir araç anlayışlı mekanik bilgi sağlamak için birçok farmakolojik ve davranışsal çalışma tamamlayıcı bir modelle hayvandır. Bu amaçla, DNA metilasyonu düzeyleri arasında fare genom değerlendirebilir fare için SureSelect hedef yakalama (metil-Seq adlandırılır) sistemi adapte. Sıçan Tasarım Rehberleri, CpG adaları, ada sahilleri ve tüm RefSeq genler GC-zengin bölgelerden hedef.

Platform bir sıçan deney uygulamak için erkek Sprague Dawley rat için 3 hafta sonra genomik DNA ekstraksiyon için kan örnekleri toplanmıştır, kronik değişken strese maruz bırakıldı. Metil-Seq kitaplıkları sıçan DNA örneklerinden kesme, bağdaştırıcı ligasyonu, hedef zenginleştirme, bisülfit dönüşüm ve çoğullama tarafından inşa edildi. Kitaplıkları bir nesil sıralama platformunda sıralı ve sıralı okuma DMRs DNA vurguladı ve vurgusuz sıçan arasında tanımlamak için analiz edildi. En iyi aday DMRs bağımsız olarak platform sağlamlık onaylamak için bisülfit pyrosequencing tarafından onaylanmış.

Sıçan metil-Seq platformu strese maruz tarafından indüklenen metilasyonu değişiklikleri yakalayabilir yararlı bir epigenetik araç olduğundan sonuçlar gösterilmektedir.