Proteomica di Top-down su larga scala usando la spettrometria totale in Tandem elettroforesi capillare zona

Zona capillare elettroforesi-electrospray ionizzazione-spettrometria di massa (CZE-ESI-MS/MS) è stata riconosciuta come uno strumento utile per proteomica di top-down che mira a caratterizzare proteoforms nel complessi proteomi. Tuttavia, l'applicazione di CZE-MS/MS per su larga scala discendente proteomica è stato ostacolato dalla scarsa capacità di caricamento del campione e stretta finestra di separazione di CZE. Qui, un protocollo è descritto usando CZE-MS/MS con un volume di caricamento del campione microliter-scala e una finestra di separazione 90 min per proteomica su larga scala di alto verso il basso. La piattaforma CZE-MS/MS è basata su un lineare poliacrilammide (LPA)-rivestito separazione capillare con flusso elettroosmotico estremamente basso, un metodo di concentrazione dinamica campioni online basati su pH-giunzione ad alta efficienza per l'impilamento della proteina, un interfaccia di flusso CE-MS Electro-cineticamente pompato guaina con sensibilità estremamente elevata e un trappola ionica spettrometro di massa ad alta risoluzione di massa e velocità di scansione. La piattaforma può essere utilizzata per la caratterizzazione ad alta risoluzione dei campioni semplice della proteina intatta e la caratterizzazione su larga scala di proteoforms in vari complessi proteomi. Ad esempio, una separazione altamente efficiente di una miscela di proteine standard e una rivelazione altamente sensibile di molte impurità utilizzando la piattaforma è dimostrata. Come altro esempio, questa piattaforma in grado di produrre oltre 500 proteoform ed eseguire 190 identificazioni di proteina da un proteoma di Escherichia coli in una singola CZE-MS/MS.