Determinar la probabilidad de la variable patogenicidad mediante el análisis de Signal-to-Noise del aminoácido-nivel de variación genética

Los avances en el costo y la velocidad de secuenciación genética de próxima generación han generado una explosión de exoma toda clínica y pruebas de todo el genoma. Mientras que esto ha llevado a mayor identificación de las mutaciones patógenas probables asociados a síndromes genéticos, ha también aumentado espectacularmente el número de fortuito encontrado variantes genéticas de la significación desconocida (VUS). Determinar la significación clínica de estas variantes es un gran desafío para los científicos y médicos. Un enfoque para ayudar a determinar la probabilidad de patogenicidad es análisis de señal a ruido en el nivel de secuencia de la proteína. Este protocolo describe un método para el análisis de señal a ruido nivel de aminoácidos que aprovecha la frecuencia variante en cada posición del aminoácido de la proteína con la topología de la proteína conocida para identificar las áreas de la secuencia principal con elevada probabilidad de variación patológica (en relación con la variación de población "fondo"). Este método puede identificar la ubicación de residuos del aminoácido 'hotspots' de alta señal patológica, que se puede utilizar para refinar el peso diagnóstico de VUSs como los identificados por pruebas genéticas de próxima generación.