Ensayo de ATAC-seq con ADN mitocondrial baja contaminación primaria humana CD4 + linfocitos T

ATAC-seq se ha convertido en una metodología ampliamente utilizada en el estudio de la epigenética debido a su enfoque rápido y sencillo mapeo genoma cromatina accesible. En este trabajo presentamos un protocolo mejorado de ATAC-seq que reduce contaminación mitocondrial ADN Lee. Mientras que los anteriores protocolos de ATAC-seq han luchado con un promedio de 50% contaminación de ADN mitocondrial Lee, el tampón de lisis optimizado en este protocolo reduce la contaminación del ADN mitocondrial en un promedio del 3%. Este protocolo de ATAC-seq mejorada permite reducción cerca del 50% del coste de la secuenciación. Demostramos cómo se pueden preparar estas bibliotecas de ATAC-seq de alta calidad de linfocitos CD4 + activados, proporcionando instrucciones paso a paso de CD4 + aislamiento de linfocitos desde la sangre a través de análisis de datos. Este protocolo mejora de ATAC-seq ha sido validado en una amplia gama de tipos celulares y será de uso inmediato a los investigadores estudiar la accesibilidad de la cromatina.