Driedimensionale vorm modellering en analyse van Hersenstructuren

Summary

We introduceren een semi-automatisch protocol voor vorm analyse op hersenstructuren, inclusief beeldsegmentatie met behulp van open software, en verdere groepsgewijze vorm analyse met behulp van een geautomatiseerd modellerings pakket. Hier demonstreren we elke stap van het 3D-vorm analyse protocol met hippocampal segmentatie van Brain MR images.

Abstract

Analyse van de statistische vorm van hersenstructuren is gebruikt om de associatie tussen hun structurele veranderingen en pathologische processen te onderzoeken. We hebben een softwarepakket ontwikkeld voor nauwkeurige en robuuste vorm modellering en groepsgewijze analyse. Hier introduceren we een pijplijn voor de vorm analyse, van individuele 3D-vorm modellering tot kwantitatieve groepsvorm analyse. We beschrijven ook de pre-processing en segmentatie stappen met behulp van open softwarepakketten. Deze praktische gids zou onderzoekers helpen tijd en moeite te besparen in 3D-vorm analyse op hersenstructuren.

Introduction

Vorm analyse van hersenstructuren is ontstaan als het voorkeurs instrument om hun morfologische veranderingen onder pathologische processen te onderzoeken, zoals neurodegeneratieve ziekten en veroudering¹. Er zijn verschillende computationele methodes nodig om 1) nauwkeurig de grenzen van doel structuren af te bakenen van medische beelden, 2) reconstrueren van de doel vorm in de vorm van 3D oppervlak gaas, 3) bouw Inter-subjecten over de individuele vorm modellen via vorm parametrering of oppervlakte registratie, en 4) kwantitatief beoordelen van de regionale vorm verschillen tussen individuen of groepen. In de afgelopen jaren zijn er veel meth....

Protocol

Hersenen de heer images werden verworven volgens het protocol dat is goedgekeurd door de lokale institutionele beoordelings Raad en de ethische commissie.

Opmerking: De tools voor vorm modellering en analyse kunnen worden gedownload van de NITRC repository: https://www.nitrc.org/projects/dtmframework/. De GUI-software (DTMModeling. exe) kan na extractie worden uitgevoerd.

Discussion

Samenvattend hebben we de software pijplijn beschreven voor de vorm analyse van hersenstructuren, waaronder (1) MR-beeldsegmentatie met behulp van open tools (2) individuele vorm reconstructie met behulp van een vervormbare sjabloon model, en (3) kwantitatief vorm verschil meting via transitieve vorm correspondentie met het sjabloon model. Statistische analyse onder de False Discovery rate (FDR) correctie wordt uitgevoerd met de vorm vervorming te onderzoeken van de betekenis van morfologische veranderingen van hersenstr.......

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments