Uso de la tubería de código abierto MALDI TOF-MS IDBac para el análisis de datos de proteínas microbianas y metabolitos especializados

Con el fin de visualizar la relación entre la filogenia bacteriana y la producción especializada de metabolitos de colonias bacterianas que crecen en agar nutritivo, desarrollamos IDBac, una desorción/ionización asistida por matriz de bajo costo y alto rendimiento bioinformática de espectrometría de masas de tiempo de vuelo (MALDI-TOF MS). El software IDBac está diseñado para no expertos, está disponible libremente y es capaz de analizar algunas o miles de colonias bacterianas. Aquí, presentamos procedimientos para la preparación de colonias bacterianas para el análisis de MS MALDI-TOF, operación de instrumentos MS y procesamiento y visualización de datos en IDBac. En particular, instruimos a los usuarios cómo agrupar bacterias en dendrogramas basados en huellas dactilares de LA proteína MS y crear interactivamente redes de asociación de metabolitos (MAN) a partir de datos de metabolitos especializados.