Navigeren MARRVEL, een web-based tool die Human Genomics en model organisme genetica informatie integreert

Door middel van Whole-exome/genoom sequencing, identificeren menselijke genetici zeldzame varianten die scheiden met fenotypes van de ziekte. Om te beoordelen of een specifieke variant pathogeen is, moet men veel databases opvragen om te bepalen of het gen van belang is gekoppeld aan een genetische aandoening, of de specifieke variant eerder is gerapporteerd en welke functionele gegevens beschikbaar zijn in modelorganisme databases die aanwijzingen kunnen geven over de functie van het gen in de mens. MARRVEL (model organisme geaggregeerde middelen voor zeldzame variant exploratie) is een one-stopdata collectie tool voor menselijke genen en varianten en hun orthologeuze genen in zeven model organismen, waaronder in muis, rat, zebravis, fruitvlieg, nematode worm, splijting gist en ontluikende gist. In dit protocol geven we een overzicht van wat MARRVEL kan worden gebruikt en bespreken we hoe verschillende datasets kunnen worden gebruikt om te beoordelen of een variant van onbekende significantie (VUS) in een bekend ziekteveroorzakend gen of een variant in een gen van onzekere significantie (GUS) kan worden Pathogene. Dit protocol zal een gebruiker begeleiden door het doorzoeken van meerdere menselijke databases tegelijkertijd te beginnen met een menselijk gen met of zonder een variant van belang. We bespreken ook hoe we gegevens kunnen gebruiken van OMIM, ExAC/gnomAD, ClinVar, geno₂MP, DGV en DECHIPHER. Bovendien illustreren we hoe een lijst van ortholog kandidaatgenen, expressie patronen en GO termen in model organismen die geassocieerd zijn met elk menselijk gen te interpreteren. Verder bespreken we de toegevoegde waarde van de structuur van het eiwit structureel domein en leggen we uit hoe de meervoudige soort eiwit Uitlijningsfunctie moet worden gebruikt om te beoordelen of een variant van belang een evolutionair bewaard domein of aminozuur beïnvloedt. Ten slotte zullen we drie verschillende gebruiksvoorbeelden van deze website bespreken. MARRVEL is een gemakkelijk toegankelijke Open Access website ontworpen voor zowel klinische als fundamentele onderzoekers en dient als uitgangspunt voor het ontwerpen van experimenten voor functionele studies.