Navegando por MARRVEL, una herramienta basada en la Web que integra la genómica humana y la información genética de organismos modelo

A través de la secuenciación de todo el exoma/genoma, los genetistas humanos identifican variantes raras que se separan con fenotipos de enfermedad. Para evaluar si una variante específica es patógena, se deben consultar muchas bases de datos para determinar si el gen de interés está vinculado a una enfermedad genética, si la variante específica se ha notificado antes y qué datos funcionales están disponibles en el organismo modelo bases de datos que pueden proporcionar pistas sobre la función del gen en el ser humano. MARRVEL (Modelo de organismo Recursos Agregados para La Explosión de Variantes Raras) es una herramienta integral de recopilación de datos para genes y variantes humanas y sus genes ortográficos en siete organismos modelo, incluyendo en ratón, rata, pez cebra, mosca de la fruta, gusano nematodos, fisión levadura, y levadura en ciernes. En este Protocolo, proporcionamos una visión general de para qué se puede utilizar MARRVEL y analizamos cómo se pueden utilizar diferentes conjuntos de datos para evaluar si una variante de significación desconocida (VUS) en un gen conocido causante de enfermedades o una variante en un gen de importancia incierta (GUS) puede ser Patógenos. Este protocolo guiará a un usuario a través de la búsqueda de múltiples bases de datos humanas simultáneamente a partir de un gen humano con o sin una variante de interés. También analizamos cómo utilizar datos de OMIM, ExAC/gnomAD, ClinVar, Geno₂MP, DGV y DECHIPHER. Además, ilustramos cómo interpretar una lista de genes candidatos a ortología, patrones de expresión y términos GO en organismos modelo asociados a cada gen humano. Además, analizamos las anotaciones de dominio estructural de proteínas de valor proporcionadas y explicamos cómo utilizar la función de alineación de proteínas de múltiples especies para evaluar si una variante de interés afecta a un dominio o aminoácido evolutivamente conservado. Por último, discutiremos tres casos de uso diferentes de este sitio web. MARRVEL es un sitio web de acceso abierto de fácil acceso diseñado para investigadores clínicos y básicos y sirve como punto de partida para diseñar experimentos para estudios funcionales.