Explorer l'espace de séquence pour identifier les sites de liaison pour les protéines de liaison de l'ARN réglementaires

La régulation génique joue un rôle important dans toutes les cellules. Des étapes transcriptionnelles, post-transcriptionnelles (ou de traitement de l'ARN), translationnelles et post-traductionnelles sont utilisées pour réguler des gènes spécifiques. Les protéines de liaison à l'acide nucléique spécifiques à la séquence ciblent des séquences spécifiques pour contrôler l'expression des gènes spatiaux ou temporels. Les sites de liaison dans les acides nucléiques sont généralement caractérisés par une analyse mutationnelle. Cependant, de nombreuses protéines d'intérêt n'ont pas de site de liaison connu pour une telle caractérisation. Ici nous décrivons une approche pour identifier les emplacements de liaison précédemment inconnus pour les protéines RNA-contraignantes. Il s'agit d'une sélection itérative et d'amplification des séquences à partir d'un pool de séquences randomisée. Après plusieurs tours de ces étapes-transcription, liaison et amplification- les séquences enrichies sont séquencées pour identifier un site de liaison préféré. Le succès de cette approche est surveillé à l'aide d'essais de liaison in vitro. Par la suite, des essais fonctionnels in vitro et in vivo peuvent être utilisés pour évaluer la pertinence biologique des séquences sélectionnées. Cette approche permet l'identification et la caractérisation d'un site de liaison jusque-là inconnu pour toute protéine liant l'ARN pour laquelle il existe un test visant à séparer les ARN liés aux protéines et non liés.