ट्रांसक्रिप्शन प्रारंभ साइट मैपिंग सुपर-कम इनपुट कैरियर-CAGE का उपयोग कर

जीन अभिव्यक्ति (CAGE) का कैप विश्लेषण एक विधि आरएनए पॉलिमरेज II प्रतिलेखन प्रारंभ साइटों (TSSs) के एकल न्यूक्लिओटाइड संकल्प का पता लगाने के लिए प्रयोग किया जाता है। TSSs की सटीक पहचान कोर प्रमोटरों की पहचान और खोज को बढ़ाती है। इसके अलावा, सक्रिय enhancers द्विदिश प्रतिलेखन दीक्षा के हस्ताक्षर के माध्यम से पता लगाया जा सकता है. यहाँ वर्णित सुपर कम इनपुट वाहक-CAGE (SLIC-CAGE) प्रदर्शन के लिए एक प्रोटोकॉल है. केज प्रोटोकॉल का यह SLIC अनुकूलन कृत्रिम रूप से एक इन विट्रो लिखित आरएनए वाहक मिश्रण है कि ब्याज के नमूने में जोड़ा जाता है के उपयोग के माध्यम से आरएनए राशि में वृद्धि से आरएनए नुकसान को कम करता है, इस प्रकार कुल नैनोग्राम-मात्रा से पुस्तकालय की तैयारी को सक्षम करने आरएनए (अर्थात, हजारों कोशिकाएं)। वाहक अपेक्षित डीएनए पुस्तकालय टुकड़ा लंबाई वितरण mimics, जिससे पूर्वाग्रह है कि एक समरूप वाहक की बहुतायत के कारण हो सकता है को नष्ट करने. प्रोटोकॉल के अंतिम चरणों में, वाहक homing endonucleases के साथ गिरावट के माध्यम से निकाल दिया जाता है और लक्ष्य लायब्रेरी परिलक्षित होता है। लक्ष्य नमूना पुस्तकालय गिरावट से संरक्षित है, के रूप में homing endonuclease मान्यता साइटों लंबे हैं (18 और 27 बीपी के बीच), यूकैरियोटिक जीनोम में उनके अस्तित्व की संभावना बहुत कम कर रही है. अंतिम परिणाम अगली पीढ़ी अनुक्रमण के लिए तैयार एक डीएनए पुस्तकालय है। प्रोटोकॉल में सभी चरणों, अनुक्रमण करने के लिए, 6 दिनों के भीतर पूरा किया जा सकता है. वाहक तैयारी एक पूरा काम दिन की आवश्यकता है; हालांकि, इसे बड़ी मात्रा में तैयार किया जा सकता है और -80 डिग्री सेल्सियस पर जमे हुए रखा जा सकता है। एक बार अनुक्रम, पढ़ता जीनोम व्यापक एकल न्यूक्लिओटाइड संकल्प TSSs प्राप्त करने के लिए संसाधित किया जा सकता है. TSSs कोर प्रमोटर या बढ़ाने की खोज के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है, जीन विनियमन में अंतर्दृष्टि प्रदान. प्रमोटरों के लिए एकत्रित हो जाने के बाद, डेटा का उपयोग 5'केंद्रित अभिव्यक्ति प्रोफाइलिंग के लिए भी किया जा सकता है।