使用锚定多路聚合酶链反应的致癌基因融合检测,随后进行下一代测序

基因融合经常导致许多不同类型的癌症的致癌表型。此外,癌症患者样本中某些融合的存在通常直接影响诊断、预后和/或治疗选择。因此,基因融合的准确检测已成为许多疾病类型临床管理的重要组成部分。直到最近,临床基因融合检测主要通过使用单基因检测来完成。然而,具有临床意义的基因融合的不断增加,已经产生了同时评估多个基因融合状态的需求。基于下一代测序(NGS)的测试通过以大规模平行方式测序核酸的能力满足了这一需求。多种基于NGS的方法,采用不同的策略,基因靶点富集,现在可用于临床分子诊断,每种方法都有自己的优缺点。本文介绍了使用锚定多路PCR(AMP)为基础的靶点浓缩和库制备,然后NGS来评估临床固体肿瘤标本的基因融合。AMP在基于扩基的扩充方法中独树一帜,因为它识别基因融合,而不管融合伙伴的身份如何。这里详细介绍了湿板凳和数据分析步骤,以确保从临床样本中准确检测基因融合。