İki adımlı PCR ve Yeni Nesil 16S rRNA Gen Sıralaması Kullanarak Mikrobiyota Analizi

İnsan bağırsağı, gıda metabolizması, enerji hasadı ve bağışıklık sisteminin düzenlenmesi gibi fizyolojik işlevleri destekleyen trilyonlarca bakteri tarafından kolonize edilir. Sağlıklı bağırsak mikrobiyomu pertürbasyonu inflamatuar hastalıkların gelişiminde rol oynadığı ileri sürülmüştür, multipl skleroz da dahil olmak üzere (MS). Çevresel ve genetik faktörler mikrobiyomun bileşimini etkileyebilir; bu nedenle, bir hastalık fenotip ile bağlantılı mikrobiyal toplulukların belirlenmesi sağlık ve hastalık mikrobiyom rolünü tanımlama yolunda ilk adım haline gelmiştir. Bakteri topluluğunun profilini çıkarmak için 16S rRNA metagenomik diziliminin kullanılması mikrobiyom araştırmalarının ilerlemesine yardımcı olmuştur. Geniş kullanımına rağmen, 16S rRNA tabanlı taksonomik profilleme analizi için tek tip bir protokol yoktur. Başka bir sınırlama, daha küçük sıralama okumaları gibi teknik güçlükler nedeniyle taksonomik atamanın düşük çözünürlüğü ve ters (R2) okumanın düşük kalitesi nedeniyle son analizde yalnızca ileri (R1) okumaların kullanılmasıdır. Belirli bir biyonumunede bakteri çeşitliliğini karakterize etmek için yüksek çözünürlüğe sahip basitleştirilmiş bir yönteme ihtiyaç vardır. Sıralama teknolojisindeki gelişmeler, daha uzun okumaları yüksek çözünürlükte sıralayabilme özelliği yle bu zorlukların bazılarının üstesinden gelinmeye yardımcı oldu. R tabanlı Bölücü Amplicon Denoising Algoritma-2 (DADA2) gibi kamuya açık metagenomik analiz boru hattı ile birlikte mevcut sıralama teknolojisi, DADA2 cinste sıra atayabilirsiniz gibi, yüksek çözünürlükte mikrobiyal profilleme ilerlemeye yardımcı oldu ve tür düzeyleri. Burada açıklanan 16S rRNA geninin V3-V4 bölgesinin iki aşamalı amplifikasyon kullanarak bakteriyel profilleme gerçekleştirmek için bir rehber, serbestçe kullanılabilir analiz araçları kullanarak analiz takip (yani, DADA2, Phyloseq, ve METAGENassist). Bu basit ve tam iş akışı mikrobiyom profilleme çalışmaları gerçekleştirmek isteyen araştırmacılar için mükemmel bir araç olarak hizmet olacağına inanılmaktadır.