Kvartär strukturmodellering genom kemisk tvärbindning av masspektrometri: Utvidgning av TX-MS Jupyter-rapporter

Protein-proteininteraktioner kan vara utmanande att studera men ändå ge insikter i hur biologiska system fungerar. Riktad tvärbindningsmasspektrometri (TX-MS), en metod som kombinerar kvaternär proteinstrukturmodellering och kemisk tvärbindningsmasspektrometri, skapar strukturmodeller med hög noggrannhet med hjälp av data erhållna från komplexa, ofraktionerade prover. Detta tar bort ett av de största hindren för proteinkomplexstrukturanalys eftersom proteinerna av intresse inte längre behöver renas i stora mängder. Cheetah-MS webbserver utvecklades för att göra den förenklade versionen av protokollet mer tillgänglig för samhället. Med tanke på tandem MS/MS-data genererar Cheetah-MS en Jupyter Notebook, en grafisk rapport som sammanfattar de viktigaste analysresultaten. Genom att utöka Jupyter Notebook kan du få mer djupgående insikter och bättre förstå modellen och de masspektrometridata som stöder den. Det tekniska protokollet som presenteras här visar några av de vanligaste tilläggen och förklarar vilken information som kan erhållas. Den innehåller block som hjälper till att analysera tandem MS/MS-förvärvsdata och den totala effekten av de upptäckta RL: erna på de rapporterade kvartära modellerna. Resultatet av sådana analyser kan tillämpas på strukturella modeller som är inbäddade i anteckningsboken med NGLView.