Rilevamento di batteri residenti nei tessuti nelle biopsie della vescica mediante 16S rRNA Fluorescence In Situ Hybridization

La visualizzazione dell'interazione dei batteri con le superfici e i tessuti mucosali ospiti può fornire preziose informazioni sui meccanismi della patogenesi. Mentre la visualizzazione di patogeni batterici in modelli animali di infezione può contare su ceppi batterici progettati per esprimere proteine fluorescenti come la GFP, la visualizzazione di batteri all'interno della mucosa delle biopsie o dei tessuti ottenuti da pazienti umani richiede un metodo imparziale. Qui, descriviamo un metodo efficiente per il rilevamento di batteri associati ai tessuti nelle sezioni di biopsia umana. Questo metodo utilizza l'ibridazione fluorescente in situ (FISH) con una sonda oligonucleotide universale etichettata fluorescentmente per 16S rRNA per etichettare i batteri associati ai tessuti all'interno delle sezioni di biopsia della vescica acquisite da pazienti affetti da ricorrenti infezione delle vie urinarie. Attraverso l'uso di una sonda rRNA 16S universale, i batteri possono essere rilevati senza una conoscenza preliminare di specie, generi o caratteristiche biochimiche, come il lipopolisaccharide (LPS), che sarebbe necessario per il rilevamento da esperimenti di immunofluorescenza. Descriviamo un protocollo completo per 16S rRNA FISH dalla fissazione della biopsia all'imaging mediante microscopia confocale. Questo protocollo può essere adattato per l'uso in quasi tutti i tipi di tessuto e rappresenta un potente strumento per la visualizzazione imparziale delle interazioni batterico-ospite clinicamente rilevanti nel tessuto del paziente. Inoltre, utilizzando sonde specifiche di specie o generi, questo protocollo può essere adattato per il rilevamento di specifici patogeni batterici all'interno del tessuto del paziente.