Обнаружение бактерий, резидентов тканей в биопсии мочевого пузыря 16S rRNA Флуоресценция В ситу гибридизации

Визуализация взаимодействия бактерий с слизистыми поверхностями и тканями-хозяинами может дать ценную информацию о механизмах патогенеза. В то время как визуализация бактериальных патогенов в животных моделях инфекции может опираться на бактериальные штаммы, разработанные для выражения флуоресцентных белков, таких как GFP, визуализация бактерий в слизистой оболочке биопсии или тканей, полученных от пациентов, требует беспристрастный метод. Здесь мы описываем эффективный метод обнаружения связанных с тканями бактерий в секциях биопсии человека. Этот метод использует флуоресцентные на месте гибридизации (FISH) с флуоресцентно помечены универсальный олигонуклеотидный зонд для 16S rRNA для обозначения тканей связанных бактерий в разделе биопсии мочевого пузыря, приобретенных у пациентов, страдающих от периодических инфекции мочевыводящих путей. С помощью универсального зонда 16S rRNA бактерии могут быть обнаружены без предварительного знания видов, родов или биохимических характеристик, таких как липополисахарид (LPS), которые потребуются для обнаружения с помощью иммунофлюоресценции экспериментов. Мы описываем полный протокол для 16S rRNA FISH от биопсии фиксации до визуализации с помощью конфокальной микроскопии. Этот протокол может быть адаптирован для использования практически в любом типе тканей и представляет собой мощный инструмент для объективной визуализации клинически значимых взаимодействий бактериального хозяина в тканях пациента. Кроме того, используя виды или гены конкретных зондов, этот протокол может быть адаптирован для обнаружения конкретных бактериальных патогенов в тканях пациента.