Anvendelse af mikroskala termoforese til måling af protein-lipid interaktioner

Evnen til at bestemme lipidernes bindingsaffinitet til proteiner er en væsentlig del af forståelsen af protein-lipidinteraktioner i membranhandel, signaltransduktion og cytoskeletal ombygning. Klassiske værktøjer til måling af sådanne interaktioner omfatter overfladeplasmonresonans (SPR) og isotermisk titreringskalorimetri (ITC). Selvom de er kraftfulde værktøjer, har disse tilgange tilbageslag. ITC kræver store mængder oprenset protein samt lipider, som kan være dyre og vanskelige at producere. Desuden er ITC såvel som SPR meget tidskrævende, hvilket kan øge omkostningerne ved at udføre disse eksperimenter betydeligt. En måde at omgå disse begrænsninger på er at bruge den relativt nye teknik til mikroskala termoforese (MST). MST er hurtig og omkostningseffektiv ved hjælp af små mængder prøve for at opnå en mætningskurve for en given bindingshændelse. Der findes i øjeblikket to typer MST-systemer. En type MST kræver mærkning med en fluorofor i det blå eller røde spektrum. Det andet system er afhængigt af den iboende fluorescens af aromatiske aminosyrer i UV-området. Begge systemer registrerer molekylernes bevægelse som reaktion på lokaliseret induktion af varme fra en infrarød laser. Hver tilgang har sine fordele og ulemper. Etiketfri MST kan bruge umærkede indfødte proteiner; imidlertid fluorescerer mange analytter, herunder lægemidler, i UV-området, hvilket kan forstyrre bestemmelsen af nøjagtige _KD-værdier. Til sammenligning giver mærket MST mulighed for en større mangfoldighed af målbare parvise interaktioner ved hjælp af fluorescerende mærkede sonder fastgjort til ligander med målbare absorbanser i det synlige område i modsætning til UV, hvilket begrænser potentialet for interfererende signaler fra analytter.