3D Multicolor DNA FISH Tool to Study Nuclear Architecture in Human Primary Cells 3D Multicolor DNA FISH Tool to Study Nuclear Architecture in Human Primary Cells 3D Multicolor DNA FISH Tool to Study Nuclear Architecture in Human Primary Cells 3D

En viktig fråga inom cellbiologi är genomisk organisation inom kärnområdet och hur kromatinarkitekturen kan påverka processer som genuttryck, cellidentitet och differentiering. Många metoder som utvecklats för att studera 3D-arkitekturen i genomet kan delas in i två kompletterande kategorier: kromosomkonformation fånga baserad teknik (C-teknik) och avbildning. Medan den förstnämnda bygger på att fånga kromosomkonformisering och proximala DNA-interaktioner i en population av fasta celler, möjliggör den senare, baserad på DNA-fluorescens in situ-hybridisering (FISH) på 3D-konserverad kärnor, samtida visualisering av flera lokpå en enda cellnivå (multicolor), undersöka deras interaktioner och distribution inom kärnan (3D multicolor DNA FISH). Tekniken för 3D multicolor DNA FISH har en begränsning av att visualisera endast ett fåtal förutbestämda lok, inte tillåter en omfattande analys av kärnarkitekturen. Med tanke på robustheten i dess resultat är 3D multicolor DNA FISH i kombination med 3D-mikroskopi och bildrekonstruktion en möjlig metod för att validera C-teknikbaserade resultat och att entydigt studera position och organisation av specifika loki på en enda cellnivå. Här föreslår vi en steg för steg metod för 3D multicolor DNA FISH lämplig för ett brett spektrum av mänskliga primära celler och diskutera alla praktiska åtgärder, avgörande steg, föreställningar om 3D-bildframställning och dataanalys som behövs för att få en framgångsrik och informativ 3D multicolor DNA FISH i olika biologiska sammanhang.