Convalida del sequenziamento dei nanopore dell'intero genoma, usando Usutu Virus come esempio

Il sequenziamento dell'intero genoma può essere utilizzato per caratterizzare e tracciare focolai virali. I protocolli di sequenziamento dell'intero genoma basati su nanoporo sono stati descritti per diversi virus. Questi approcci utilizzano un approccio sovrapposto basato su amplicon che può essere utilizzato per indirizzare un virus specifico o un gruppo di virus geneticamente correlati. Oltre alla conferma della presenza del virus, il sequenziamento può essere utilizzato per studi di epidemiologia genomica, per monitorare i virus e svelare le origini, i serbatoi e le modalità di trasmissione. Per tali applicazioni, è fondamentale comprendere i possibili effetti del tasso di errore associato alla piattaforma utilizzata. L'applicazione di routine in ambito clinico e sanitario pubblico richiede che questo sia documentato con ogni cambiamento importante nel protocollo. In precedenza, è stato convalidato un protocollo per il sequenziamento del virus Usutu dell'intero genoma sulla piattaforma di sequenziamento dei nanopori (cella di flusso R9.4) confrontando direttamente il sequenziamento dell'Illumina. In questo caso, viene descritto il metodo utilizzato per determinare la copertura di lettura richiesta, utilizzando il confronto tra la cella di flusso R10 e la sequenza Illumina come esempio.