Проверка секвенирования всего генома нанопор, использование вируса Усуту в качестве примера

Полное секвенирование генома может быть использовано для характеристики и отслеживания вирусных вспышек. Нанопор основе всего генома секвенирования протоколы были описаны для нескольких различных вирусов. Эти подходы используют перекрывающийся подход на основе ампрона, который может быть использован для целевой конкретной цели вируса или группы генетически связанных вирусов. В дополнение к подтверждению присутствия вируса, секвенирование может быть использовано для исследований геномной эпидемиологии, для отслеживания вирусов и распутывания происхождения, резервуаров и способов передачи. Для таких приложений крайне важно понять возможные последствия ошибки, связанные с используемой платформой. Регулярное применение в клинических и медицинских учреждениях требует, чтобы это было задокументировано с каждым важным изменением протокола. Ранее протокол для секвенирования вируса Усуту на платформе секвенирования нанопор был проверен (R9.4 flowcell) путем прямого сравнения с секвенированием Illumina. Здесь мы описываем метод, используемый для определения требуемого покрытия чтения, используя в качестве примера сравнение между ячейкой потока R10 и секвенированием Illumina.