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Bioengineering

액적 기반 RNA 시퀀싱을 통한 높은 처리량 효모 균주 현상태핑

Published: May 21st, 2020

DOI:

10.3791/61014

1Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences, University of California San Francisco, 2University of California Berkeley-UCSF Graduate Program in Bioengineering, University of California San Francisco, 3Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California San Francisco, 4California Institute for Quantitative Biosciences, University of California San Francisco, 5Chan Zuckerberg Biohub

Abstract

효모 게놈을 편집할 수 있는 강력한 도구는 이 미생물을 엔지니어링을 위한 귀중한 플랫폼으로 만들었습니다. 수백만 개의 유전적으로 뚜렷한 균주의 라이브러리를 구성하는 것이 가능하지만 원하는 표현형을 선별하는 것은 여전히 중요한 장애물로 남아 있습니다. 기존 스크리닝 기술을 사용하면 정보 출력과 처리량 간에 장단점이 있으며, 일반적으로 관심 있는 한 제품에 대해 높은 처리량 스크리닝이 수행됩니다. 따라서, 우리는 유전자 조작 효모 긴장의 이소제성 피콜리터 식민지에 단 세포 RNA 순서를 적응해서 긴장 검열을 가속화하는 접근을 제시합니다. 효모 세포에서 RNA 시퀀싱을 수행하는 독특한 과제를 해결하기 위해 RNA 시퀀싱을 수행하기 전에 하이드로겔 및 구형 내에서 이소생효모 콜로니를 배양합니다. RNA 염기서열 분석 데이터는 효모 표현형을 추론하고 엔지니어링 된 경로를 분류하는 데 사용할 수 있습니다. 당사의 방법의 확장성은 미생물 공학에서 중요한 장애물을 해결합니다.

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