Acyl-PEGyl Exchange Gel Shift Analys för kvantitativ bestämning av palmitolerisering av hjärnans membranproteiner

Aktivitetsberoende förändringar i nivåerna av synaptiska AMPA-receptorer (AMPARs) inom den postsynaptiska densiteten (PSD) tros representera en cellulär mekanism för inlärning och minne. Palmitolering reglerar lokalisering och funktion av många synaptiska proteiner inklusive AMPA-Rs, hjälpfaktorer och synaptiska byggnadsställningar på ett aktivitetsberoende sätt. Vi identifierade synaps differentiering inducerad gen (SynDIG) familj av fyra gener (SynDIG1-4) kodning hjärnan-specifika transmembrane proteiner som associerar med AMPARs och reglera synaps styrka. SynDIG1 är palmitoylerad vid två cysteinrester belägna vid positionerna 191 och 192 i regionen juxta-transmembrane som är viktig för verksamhetsberoende excitatorisk synapsutveckling. Här beskriver vi en innovativ biokemisk metod, acyl-PEGyl exchange gel shift (APEGS) analys, att undersöka palmitolering tillstånd av något protein av intresse och visa dess nytta med SynDIG familj av proteiner i mus hjärnan lysates.