Kvantifisere humant norovirus viruslignende partikler binding til commensal bakterier ved hjelp av flow cytometri

Commensal bakterier er godt etablert for å påvirke infeksjon av eukaryyotiske virus. Direkte binding mellom patogenet og vertsmikrobiomet er ansvarlig for å endre infeksjon for mange av disse virusene. Dermed er det å karakterisere arten av virus-bakterier binding et grunnleggende skritt som trengs for å belyse mekanismen(e) som bakterier endrer virusinfeksjon. For humant norovirus forbedrer kommensale bakterier B-celleinfeksjon. Viruset binder seg direkte til disse bakteriene, noe som indikerer at denne direkte interaksjonen er involvert i mekanismen for infeksjonsforbedring. En rekke teknikker kan brukes til å kvantifisere interaksjoner mellom bakterier og virus, inkludert scintillation telling av radiomerkede virus og polymerase kjedereaksjon (PCR). Begge metodene krever bruk av levende virus, som kan måtte genereres i laboratoriet. For tiden er ingen av de etablerte in vitro kultursystemene som er tilgjengelige for humant norovirus, robuste nok til å tillate generering av svært konsentrerte virusbestander. I stedet for levende virus har viruslignende partikler (VLPs) blitt brukt til å karakterisere interaksjonene mellom norovirus og bakterier. Her i en flow cytometri metode er beskrevet med bruker virus spesifikke antistoffer for å kvantifisere VLP binding til gram-negative og gram-positive bakterier. Inkludering av både bakterier og isotypekontroller tillatt for optimalisering av analysen for å redusere bakgrunnsantistoffbinding og nøyaktig kvantifisering av VLP-vedlegg til bakteriene som er testet. Høye VLP:bakterieforhold resulterer i at VLPs binding til store prosenter av bakteriepopulasjonen. Men når VLP-mengder reduseres, reduseres også prosentandelen av bakterier som er bundet. Til syvende og sist kan denne metoden brukes i fremtidige eksperimenter som belyser de spesifikke forholdene og strukturelle komponentene som regulerer norovirus:bakterielle interaksjoner.