Orm-juster og Worm_CP, to åpen kildekode rørledninger for retting og kvantifisering av fluorescens bildedata hentet fra Caenorhabditis elegans

Et problem som ofte oppstår når du anskaffer bildedata fra faste eller bedøvede C. elegans er at ormer krysser og klynger seg med sine naboer. Dette problemet forverres med økende tetthet av ormer og skaper utfordringer for avbildning og kvantifisering. Vi utviklet en FIJI-basert arbeidsflyt, Worm-align, som kan brukes til å generere enkelt- eller flerkanals montasjer av brukervalgte, rettede og justerte ormer fra rå bildedata av C. elegans. Orm-align er en enkel og brukervennlig arbeidsflyt som ikke krever tidligere opplæring av brukeren eller analysealgoritmen. Montasjer generert med Worm-align kan hjelpe visuell inspeksjon av ormer, deres klassifisering og representasjon. I tillegg kan utgangen av Worm-align brukes til påfølgende kvantifisering av fluorescensintensitet i enkeltormer, enten i FIJI direkte eller i andre programvareplattformer for bildeanalyse. Vi demonstrerer dette ved å importere Worm-align-utgangen til Worm_CP, et datasamlebånd som bruker Open-source CellProfiler-programvaren. CellProfilers fleksibilitet gjør det mulig å innlemme flere moduler for screening av høyt innhold. Som et praktisk eksempel har vi brukt rørledningen på to datasett: det første datasettet er bilder av varmesjokkreporterormer som uttrykker grønt fluorescerende protein (GFP) under kontroll av arrangøren av et varmesjokkinduserbart gen hsp-70, og det andre datasettet er bilder hentet fra faste ormer, farget for fettbutikker med fluorescerende fargestoff.