Los métodos modificados para la carga de placas de extracción de ADN de alto rendimiento reducen el potencial de contaminación

Las técnicas de secuenciación de ADN de alto rendimiento han contribuido sustancialmente a los avances en nuestra comprensión de las relaciones entre las comunidades microbianas, las características del huésped y las funciones más amplias del ecosistema. Con este rápido aumento en la amplitud y profundidad de las capacidades de secuenciación han llegado métodos para extraer, amplificar, analizar e interpretar el ADN ambiental con éxito con la máxima eficiencia. Desafortunadamente, realizar extracciones de ADN rápidamente puede venir a costa de aumentar el riesgo de contaminación entre las muestras. En particular, las extracciones de alto rendimiento que se basan en muestras contenidas en una placa de 96 pozos ofrecen un método relativamente rápido, en comparación con las extracciones de un solo tubo, pero también aumentan las oportunidades de contaminación cruzada bien a pozo. Para minimizar el riesgo de contaminación cruzada entre muestras, conservando al mismo tiempo los beneficios de las técnicas de extracción de alto rendimiento, desarrollamos un nuevo método para cargar muestras ambientales en placas de 96 pozos. Usamos películas de sellado de PCR perforables para cubrir cada placa mientras cargamos muestras y agregamos muestras primero a los tubos de PCR antes de moverlas a pozos; juntos, estas prácticas reducen el riesgo de deriva de la muestra y la doble carga no intencionada de pozos. El método descrito en este artículo proporciona a los investigadores un enfoque para maximizar las técnicas de extracción de alto rendimiento disponibles y, al mismo tiempo, reducir el riesgo de contaminación cruzada inherente a las placas de 96 pozos. Proporcionamos un esquema detallado paso a paso de cómo pasar de la recolección de muestras a la extracción de ADN, minimizando al mismo tiempo el riesgo de contaminación cruzada no deseada.