Laser-Capture Microdissection RNA-sekvensering för rumsliga och temporala vävnadsspecifika genuttryck analys i växter

Utvecklingen av en komplex flercellig organism styrs av distinkta celltyper som har olika transkriptionella profiler. För att identifiera transkriptionella regleringsnätverk som styr utvecklingsprocesser är det nödvändigt att mäta dessa enskilda celltypers rumsliga och tidsmässiga genuttrycksprofiler. Därför är insikt i den spatio-temporala kontrollen av genuttryck avgörande för att få förståelse för hur biologiska och utvecklingsmässiga processer regleras. Här beskriver vi en laser-capture microdissection (LCM) metod för att isolera litet antal celler från tre korn embryo organ under en tid-kurs under grobarhet följt av avskrift profilering. Metoden består av vävnadsfixering, vävnadsbearbetning, paraffininbäddning, snittning, LCM- och RNA-extraktion följt av realtids-PCR eller RNA-seq. Denna metod har gjort det möjligt för oss att få rumsliga och tidsmässiga profiler av utsäde organ transkriptomer från varierande antal celler (tiotals till hundratals), vilket ger mycket större vävnad-specificitet än typiska bulk-vävnad analyser. Från dessa data kunde vi definiera och jämföra transkriptionella regulatoriska nätverk samt förutsäga kandidatreglerande transkriptionsfaktorer för enskilda vävnader. Metoden bör vara tillämplig på andra växtvävnader med minimal optimering.