Tek Çekirdekli RNA-seq ve ATAC-seq için Taze Donmuş Beyin Tümörlerinden Çekirdek İzolasyonu

Erişkin dağınık gliomalar tümörler arası ve tümör içi heterojenlik sergiler. Yakın zamana kadar, büyük ölçekli moleküler profilleme çabalarının çoğu, beyin tümörlerinin moleküler sınıflandırılmasına yol açan toplu yaklaşımlara odaklanmıştır. Son beş yılda, tek hücreli dizileme yaklaşımları gliomaların birkaç önemli özelliğine vurgu yaptı. Bu çalışmaların çoğunluğu, akış sitometrisi veya antikor bazlı ayırma yöntemlerini kullanarak tek hücreleri izole etmek için taze beyin tümörü örneklerinden yararlanmıştır. İleride, biyobankalardan taze dondurulmuş doku örneklerinin kullanılması tek hücre uygulamalarına daha fazla esneklik sağlayacaktır. Ayrıca, tek hücreli alan ilerledikçe, bir sonraki zorluk tümör karmaşıklığını daha iyi çözmek için tek bir hücreden veya aynı örnek hazırlığından çoklu omik verileri oluşturmak olacaktır. Bu nedenle, tek çekirdekli RNA dizilimi (snRNA-seq) ve transposase-Accessible Chromatin için tek çekirdekli Tahlis gibi çeşitli yöntemler için veri üretimine izin veren basit ve esnek protokoller alan için önemli olacaktır.

10x genomik platformu gibi erişilebilir mikroakışkan aletlerle birleştiğinde tek hücre alanındaki son gelişmeler, araştırma laboratuvarlarında tek hücre uygulamalarını kolaylaştırmaktadır. Beyin tümörü heterojenliğini incelemek için, tek çekirdeğin taze donmuş gliomalardan izolesi için geliştirilmiş bir protokol geliştirdik. Bu protokol varolan tek hücre protokollerini birleştirir ve bir homojenleştirme adımini ve ardından filtrasyon ve arabellek aracılı gradyan santrifüjünü birleştirir. Elde edilen örnekler, aynı çekirdek preparatından tek çekirdek gen ekspresykülü ve kromatin erişilebilirlik verileri oluşturmak için kullanılabilecek saf tek çekirdek süspansiyonlarıdır.