トランスクリプトーム解析を用いた無秩序発がん性転写因子の構造機能関係のマッピング

多くの癌は、発癌性融合転写因子の発現をもたらす染色体転座によって特徴付けられる。典型的には、これらのタンパク質は、別のタンパク質のDNA結合ドメイン(DBD)と融合した本質的に障害のあるドメイン(IDD)を含み、悪性腫瘍を促進するために広範囲にわたる転写変化を調整する。これらの融合は、多くの場合、それらが引き起こす癌における唯一の繰り返しゲノム収差であり、魅力的な治療標的となる。しかし、発がん性転写因子を標的化するには、その機能において複雑性の低いIDDが果たす機械学的役割をよりよく理解する必要があります。EWSR1 の N 末端ドメインは、EWS/FLI、EWS/ATF、および EWS/WT1 を含むさまざまな発癌性融合転写因子に関与する IDD です。ここでは、RNA-シーケンシングを用い、ユーイング肉腫におけるEWS/FLIの転写機能に重要なEWSドメインの構造的特徴を調べる。まず、種々のEWS変異体構築物の異所発現と組み合わせたユーイング肉腫細胞からの内因性融合のshRNA媒介型枯渇が行われる。次に、RNA-シーケンシングを使用して、これらの構築物を発現する細胞の転写体を分析し、EWSドメインの突然変異に関連する機能的欠陥を特徴付ける。トランスクリプトーム解析と、EWS/FLI DNA結合モチーフに関する以前に発表された情報、ゲノム局在化、および機能性転換のための機能アッセイを統合することで、発癌に重要なEWS/FLIの構造的特徴を特定し、ユーイング肉腫にとって重要なEWS/FLI標的遺伝子の新しいセットを定義することができました。本論文では、発癌性転写因子の本質的に乱れたドメインの構造機能関係をマッピングする方法としてRNA-シーケンシングを用いることを示す。