Assisteret udvælgelse af biomarkører ved lineær diskriminantanalyseeffektstørrelse (LEfSe) i mikrobiomdata

Der er stigende opmærksomhed mod lukkede biologiske genomer i miljøet og i sundheden. For at udforske og afsløre forskellene mellem grupper mellem forskellige prøver eller miljøer er det afgørende at opdage biomarkører med statistiske forskelle mellem grupper. Anvendelsen af lineær diskriminantanalyse Effect Size (LEfSe) kan hjælpe med at finde gode biomarkører. Baseret på de oprindelige genomdata udføres kvalitetskontrol og kvantificering af forskellige sekvenser baseret på taxa eller gener. For det første blev Kruskal-Wallis rangtesten brugt til at skelne mellem specifikke forskelle mellem statistiske og biologiske grupper. Derefter blev Wilcoxon-rangtesten udført mellem de to grupper, der blev opnået i det foregående trin for at vurdere, om forskellene var konsistente. Endelig blev der udført en lineær diskriminerende analyse (LDA) for at evaluere biomarkørernes indflydelse på signifikant forskellige grupper baseret på LDA-score. For at opsummere gav LEfSe bekvemmeligheden til at identificere genomiske biomarkører, der karakteriserer statistiske forskelle mellem biologiske grupper.