마이크로바이옴 데이터에서 선형 판별 분석 효과 크기(LEfSe)에 의한 바이오마커 보조 선택

환경과 건강에서 폐쇄 된 생물학적 게놈에 대한 관심이 커지고 있습니다. 서로 다른 샘플 또는 환경 간의 그룹 간 차이를 탐구하고 밝히기 위해서는 그룹 간의 통계적 차이가있는 바이오마커를 발견하는 것이 중요합니다. 선형 판별 분석 효과 크기 (LEfSe)의 적용은 좋은 바이오 마커를 찾는 데 도움이 될 수 있습니다. 원래의 게놈 데이터에 기초하여, 품질 관리, 및 탁사 또는 유전자에 기초한 상이한 서열의 정량화가 수행된다. 첫째, Kruskal-Wallis 순위 검정을 사용하여 통계적 그룹과 생물학적 그룹 간의 특정 차이를 구별하였다. 그 후, Wilcoxon 순위 검정을 이전 단계에서 얻은 두 그룹 사이에서 수행하여 차이가 일관적인지 여부를 평가하였다. 마지막으로, LDA 점수에 기초하여 유의하게 상이한 그룹에 대한 바이오마커의 영향을 평가하기 위해 선형 판별 분석(LDA)이 수행되었다. 요약하면, LEfSe는 생물학적 그룹 간의 통계적 차이를 특성화하는 게놈 바이오마커를 식별하기 위한 편리함을 제공했다.